Phân quyền người sử dụng
An toàn và bảo mật thông tin nội dung nội bộ là yếu tố quan trọng đối với hoạt động của tổ chức. Bên cạnh việc quản lý hệ thống bằng tên đăng nhập và mật khẩu. E- Office còn thực hiện các biện pháp phân quyền tự động theo vị trí làm việc, phân quyền chủ động bằng các chức năng cấp quyền và thậm chí thu hồi các quyền đã cấp. Hơn thế  mô hình thiết kế ba lớp, có thể phối hợp sử dụng với bức tường lửa (firewall) đảm bảo cho tính an toàn và bảo mật fthông tin khi sử dụng phần mềm.

Bảo mật quyền đăng nhập
Đăng nhập là chức năng đảm bảo quyền sử dụng người dùng và bảo mật thông tin của tổ chức. Để sử dụng chương trình người dùng phải có tên đăng nhập và mật khẩu. Các thông tin này ban đầu do người quản trị hệ thốgn thiết lập và cung cấp. Trong quá trình sử dụng, người dùng có thể thay đổi mậtt khẩu truy cập của mình.
Mật khẩu được hệ thống mã hóa, người quản trị hệ thống cũng không thể biết mật khẩu của các thành viên.

Cấp quyền duyệt tin
Các cá nhân đứng đầu một đơn vị, phòng ban hay tổ chức có quyền duyệt tin của tổ chức đơn vị mình phụ trách. Tuy nhiên, các cá nhân này có thể cấp quyền duyệt tin cho các cá nhân hay tổ chức khác
Quyền duyệt tin ở đây bao gồm quyền duyệt tin đưa lên mạng thông tin và quyền sửa tin. Người có quyền duyệt tin sẽ được quyền đăng tin hay xoá bất kỳ một tin tức nào đó nếu như tin đó không phù hợp với tổ chức. Còn người được quyền sửa tin chỉ chịu trách nhiệm biên soạn lại tin tức đó.

Cấp quyền xem tin cho tổ chức khác
Tin tức của một tổ chức chỉ được cá nhân trong tổ chức đó xem (bao gồm cả tổ chức cấp trên và cấp dưới).
Để trao đổi thông tin theo cơ cấu chức năng ngang cấp, E-Office cung cấp chức năng cấp quyền xem tin cho tổ chức khác. Chức năng này cho phép các cá nhân có chức vụ nhất định của tổ chức ngang cấp khác được quyền xem một số loại tin của tổ chức mình. Điềm lưu ý là việc cấp quyền ở đây là không cấp quyền cho một người cụ thể mà cấp quyền cho một chức vụ chức danh, cá nhân giữ chức vụ nào thì đương nhiên hưởng quyền được cấp, cá nhân nào thôi giữ chức vụ sẽ không còn quyền được cấp nữa
Quyền tạo công việc: Các cá nhân đứng đầu một tổ chức, một đơn vị, phòng ban mặt định có chức năng khởi tạo và lên kế hoạch cho tổ chức đó.

Cấp quyền tạo công việc: Cá nhân có quyền tạo công việc mặc định có chức năng cấp quyền tạo công việc cho các cá nhân khác là cấp dưới của mình.

Cấp quyền quản lý diễn đàn
Người đứng đầu tổ chức phòng ban: Có chức năng cấp quyền quản lý diễn đàn cho các cá nhân khác trong tổ chức. Các quyền quản lý diễn đàn bao gồm: Được phép thêm diễn đàn mới xoá diễn đàn. xoá chủ đề và sửa nội dung các bài viết trước khi đăng tải lên diễn đàn. Ngoài ra người đứng đầu tổ chức cũng có quyền thu hồi các quyền đã cấp cho cá nhân.